Dibangun pada 1973 dan diresmikan oleh Presiden Soeharto dua tahun kemudian, Masjid Pangeran Diponegoro muncul di TMII sebagai tempat ibadah Islam yang menarik inspirasi dari masjid Al Azhar Jakarta dan Masjid Syuhada Yogyakarta. Terhampar di lahan seluas 2.850 m², dengan bangunan seluas 760 m² yang terbagi menjadi dua lantai, masjid ini menyediakan fasilitas seperti tempat wudhu, kamar mandi, ruang tunggu, perpustakaan, dan dapur di lantai pertama. Lantai kedua, tempat imam, khatib, mihrap, serta menara kubah setinggi 26 meter, menyuarakan keagungan spiritual.
‘Pangeran Diponegoro’ dipilih sebagai nama masjid untuk menghormati pahlawan nasional dan pemimpin agama Islam di Yogyakarta yang berperan dalam perlawanan terhadap penjajahan Belanda. Menempati urutan pertama pada deretan rumah ibadah dari gerbang utama, masjid yang bersebelahan dengan gereja Santa Catharina ini menjadi lambang harmoni antar umat beragama.
Dengan atap kubah yang mencerminkan gaya Bizantium, masjid ini memaknai bahwa kehidupan manusia adalah sebagian kecil dari keindahan struktur alam semesta. Setiap harinya, Masjid Pangeran Diponegoro menjadi tempat ibadah, pelajaran agama, dan refleksi al-qur’an bagi warga sekitar dan pengunjung TMII. Tak jarang, upacara akad nikah, syukuran dan kegiatan keagamaan lainnya juga dilakukan di sini. Pada hari besar seperti Idul Fitri dan Idul Adha, salat diadakan di Plaza Tugu Api Pancasila.
