Di Museum Hakka, pengunjung dapat mengeksplorasi sejarah masyarakat Tionghoa, khususnya etnis Hakka Yongding, melalui tiga ruang pamer yaitu Museum Tionghoa Indonesia, Museum Hakka Indonesia, dan Museum Yongding Hakka Indonesia. Bangunannya yang bundar terinspirasi dari Tulou, pemukiman berbentuk unik yang konon ditempati oleh leluhur masyarakat Hakka Yongding di pegunungan Fujian. Sejarah bangunan ini dibahas di Museum Yongding Hakka Indonesia yang terletak di lantai satu, yang juga mengulas kisah tentang tokoh-tokoh ternama Yongding dan aneka kegiatan sosial yang mereka geluti. Identik dengan profesinya di bidang farmasi, masyarakat Hakka Yongding Indonesia juga menghadirkan pameran peralatan toko obat Tionghoa di museum ini, yang akan mengajak pengunjung untuk menelusuri mata pencaharian mereka.

Sementara itu di lantai dua, Museum Tionghoa Indonesia terbagi menjadi tujuh ruang pamer. Sejarah masyarakat Tionghoa di Kepulauan Nusantara dijabarkan di sini, mulai dari kedatangannya, profesi mereka di era kolonial, hingga tokoh-tokoh Tionghoa yang berjasa terhadap kemerdekaan Indonesia. Tak hanya itu, pengunjung juga akan diperkenalkan pada seni dan budaya Tionghoa di tanah air, hingga peranan mereka dalam berbagai industri di Indonesia.

Di lantai tiga, pengunjung akan disambut dengan pameran benda-benda budaya khas masyarakat Hakka di Nusantara, mulai dari miniatur rumah, peralatan pertanian, ruang kamar pengantin, tandu, alat-alat rumah tangga, dan berbagai benda artefak lainnya di Museum Hakka Indonesia. Edukasi tentang budaya Hakka juga dapat dipelajari lebih lanjut melalui foto-foto kuliner khas Hakka, sejarah migrasi masyarakatnya ke Nusantara, kisah tentang kebudayaan dan pendidikan mereka, hingga pengenalan berbagai tokoh ternama dari masyarakat Hakka.