Gedung Museum Hakka Indonesia terdapat 3 ruangan pamer, masing-masing untuk Museum Tionghoa Indonesia, Museum Hakka Indonesia dan Museum Yongding Hakka Indonesia.

Sejarah Hakka Indonesia merupakan bagian yang tidak terpisahkan dari sejarah Tionghoa Indonesia, maka logislah bila dalam gedung Museum ini diperkenalkan terlebih dahulu sejarah Tionghoa Indonesia.

Orang Hakka Yongding Indonesia tidak sedikit jumlahnya, mereka banyak berkecimpung di bidang usaha obat-obatan/farmasi. Leluruhur mereka bermukimdi bangunan bundar yang disebut ‘Tulou’ di pegunungan Fujian. Bangunan Tulou memiliki keunikan tersendiri, oleh sebab itu salah satu dari mereka, yakni ‘Zheng Cheng lou’ dijadikan contoh pola Museum Hakka Indonesia ini.

1.   Museum Tionghoa Indonesia
Museum Tionghoa Indonesia yang berada di lantai 2 gedung ‘Museum Hakka Indonesia’ mempunyai 7 ruang pamer:

Ruangan Pertama
Menceritakan sejarah kedatangan orang Tionghoa di Kepulauan Nusantara

Ruangan Kedua
Menayangkan foto-foto profesi orang Tionghoa di era kolonial

Ruangan Ketiga
Ruang “Merah Putih”, berisi foto tokoh-tokoh Tionghoa yang berjasa terhada Nusa dan Bangsa

Ruangan Keempat
Menerangkan tentang orang Tionghoa di Aceh, Kalimantan Barat, Tangerang, Bangka Belitung dan lain-lain

Ruangan Kelima
Menceritakan riwayat Tjong Yong Hian dan Tjong Yao Hian bersaudara (Medan), sejarah Putri Kang Cin Wei Bali, dan lain-lain

Ruangan Keenam
Tentang Opera Tionghoa, Potehi, Wayang Kulit, Gambang Kromong, dan lain-lain

Ruangan Ketujuh
Mencerita peranan orang Tionghoa diperfilman, batik, kuliner dan lain-lain

2.   Museum Hakka Indonesia
Museum Hakka Indonesia berada di lantai 3, mempunyai 7 ruang pamer:

Ruangan Pertama
Menceritakan sejarah migrasi Hakka ke Nusantara, foto-foto kuliner Hakka, dan juga memamerkan miniatur rumah orang Hakka

Ruangan Kedua
Menceritakan tentang kebudayaan dan pendidikan orang Hakka dan lain-lain

Ruangan Ketiga
Memperkenalkan tokoh-tokoh Hakka ternama, juga memamerkan peralatan pertanian

Ruangan Keempat – Ketujuh
Memamerkan contoh ruangan kamar pengantin, tandu, alat-alat rumah tangga dan barang-barang artefak lainnya

3.   Museum Yongding Hakka Indonesia
Museum ini menceritakan tentang bangunan Tulou, tokoh-tokoh ternama Yongding dan kegiatan sosial lainnya. Juga memamerkan peralatan toko obat Tionghoa serta contoh-contoh obat jamu